Nous considérons souvent (trop souvent) que la vie est une compétition dans laquelle le virus serait un tueur d’Homme. La connaissance que nous avons des virus est plus que parcellaire, ce qui nous conduit généralement à des réactions de peur ou de distance. La pandémie Covid que nous vivons aujourd’hui n’échappe pas à cette règle en renforçant notre imaginaire négatif sur les virus, en dehors de toute logique ou recul suffisant sur ce « microbe ». Les quelques éléments captés sur la toile dans cet article devraient vous permettre de mieux appréhender ce monde de l’infiniment petit. 

Nous assimilons les virus et les bactéries à la même chose en les regroupant sous le terme de « microbes ». La réalité est toute autre, à commencer par la taille, car un virus mesurera en moyenne 1.000 fois moins qu’une bactérie, elle même 100 fois plus petite qu’un cheveu.

En savoir Plus (1):

• Homme > mètre
• Cheveu < 100 micromètres   =  0,000 1 mètre
• Bactérie ~ 10^-6 m ou µm-micromètre =  0,000 001 m
• Virus ~ 10^-9 m ou nm-nanomètre =  0,000 000 001 m
• Atome ~ 10^-10 m ou Å-angström =  0,000 000 000 1
• Noyau atomique ~ 10^-15 m ou femtomètre = 0,000 000 000 000 001 mètre

Le virus synonyme de maladie

Ce monde étrange de l’infiniment petit nous est encore quasiment méconnu. Aussi, dans notre imaginaire collectif le virus reste synonyme de maladie, de dangers et de mort, car nous n’en avons connaissance que par l’apparition de grandes pandémies qui ont tué dans l’histoire récente (et donc encore très présente dans notre mémoire collective) des millions de personnes.

En savoir Plus (2):

• Dans un passé récent (pour l’humanité) la grippe Espagnole, entre 1918 et 1921, tue 50 millions de personnes (~400.000 en France). Soit, à cette époque, 2,7 % de la population mondiale (~1,8 milliard d’humains).
• Celle de 1957 (grippe asiatique) a fait 2 millions de morts et celle de 1968 (grippe de Hong Kong), 1 million
• La variole fera plus de 300 millions de morts au XX^ème Siècle (source OMS).
• Le SIDA, V.I.H. ~30 millions de pers.
• Aujourd’hui le SARS-CoV2, en deux années, aura « officiellement » tué près de 5,5 millions de personnes dans le monde (>123.000 fin décembre 2021 en France).
• D’autres virus, comme EBOLA, sont aussi bien connus pour avoir décimés des populations locales, en particulier en Afrique. La rage continue à tuer près de 59 000 personnes par an.

Dès le XVIe siècle, c’est Ambroise Paré (chirurgien du roi et des champs de bataille) qui lui attribue ce nom, emprunté au latin « vīrus : venin, poison, proprement suc des plantes ».

Le virus, ce microbe méconnu

Sur près de 10.000 milliards de milliards de milliards de virus, nous n’en connaissons que 10.000 différents. Et parmi les 3.600 espèces décrites par la communauté scientifique, seulement 129 sont pathogènes pour l’homme. 

En savoir Plus (3):

• On estime qu’il existe 10³¹ (1 et 31 zéros derrière soit 10 milles milliards de milliards de milliards) virus différents dans le monde, soit une diversité bien supérieure à celle cumulée des organismes des trois règnes du vivant
• Une personne abrite plus de 3.000 milliards de virus dans son corps.
• Nous inhalons chaque seconde environ 3.000 virus.
• Une cuillère à café de salive humaine contient environ cent million de virus.

C’est dire donc notre ignorance (ce qui explique par ailleurs en grande partie notre peur) quant à cet agent infectieux qui, selon la majorité des biologistes, ne fait pas partie du règne du vivant.

En savoir Plus (4):

• Les virus sont considérés à la limite des êtres vivants, car ils ne sont pas des véritables cellules.
• Contrairement à la bactérie, il ne respire pas, ne peut avoir de mouvement propre, il ne grandit pas et ne peut se reproduire seul. 
• Parasites obligatoires, ils ont besoin pour se reproduire de l’aide d’une cellule animale, végétale ou bactérienne qu’ils doivent infecter.

La plupart des virus que nous respirons ne font que transiter dans nos corps et sont des virus spécifiques des plantes. Par contre, les virus qui « décident » de s’installer dans nos corps sont des virus spécifiques aux bactéries de notre microbiote.

En savoir Plus (5) « Source Wikipédia » :

Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, microchampignons, protistes) qui vivent dans un environnement spécifique, chez un hôte ou une matière. Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal). Chez les animaux, la communauté microbienne la plus étudiée est le microbiote humain qui est très varié (microbiote intestinal, vaginal, cutané…).

Les virus partenaires de l’évolution de la vie sur terre

Les virus semblent être à l’origine de l’évolution de tous les êtres vivants qu’ils sont capables d’infecter. Certains scientifiques affirment même qu’ils pourraient être à l’origine de l’apparition de la molécule d’ADN et même du noyau cellulaire.

Ils ont ainsi contribué (et continuent à le faire) à l’évolution des êtres humains. On estime qu’environ 8% de notre génome dérive de gènes viraux qui ont été intégrés lors de notre évolution. Certains de ces gènes d’origine virale ont même joué un rôle crucial, en particulier en nous permettant de développer la faculté de créer du placenta, assurant ainsi la capacité de la plupart des mammifères de donner naissance à un stade de développement avancé. Au moment où le virus injecte son matériel génétique dans une cellule, soit elle meurt, soit elle évolue.

En savoir plus (6) :

• Soit la cellule hôte se met à répliquer de nouveaux virus et meurt. Il existe des virus qui se multiplient spécifiquement dans les cellules tumorales (cancer, conduisant inexorablement à leur destruction).
• Soit elle continue à exister en intégrant dans son matériel génétique celui du virus. Les virus sont ainsi des « bricoleurs » génétiques naturels, car ils sont capables d’insérer leur matériel génétique dans le génome des êtres vivants, ou d’interagir avec certains gènes des cellules hôtes et modifier leur emplacement. De cette façon, les virus contribuent à l’évolution de tous les êtres vivants qu’ils sont capables d’infecter.

L’Homme responsable de l’apparition des pandémies

Selon certains chercheurs l’humanité a connu de nombreuses crises liées à notre comportement et nos activités. L’ONU, souligne que 75 % de toutes les maladies infectieuses (pour l’Homme) émergentes nous sont transmises par les animaux et sont toutes liées à l’activité humaine aujourd’hui, mondialisée : démographie, déforestation expansion agricole, production intensive, mondialisation du commerce, globalisation des activités humaines, rapidité des transports et multiplication des échanges commerciaux (qui permettent aux virus de passer, en quelques heures, d’un continent à l’autre).

En réponse à notre impact sur les écosystèmes, les virus :

• s’adaptent grâce à son extraordinaire capacité de mutation à leur nouvel environnement, 
• changent d’hôtes (s’ils disparaissent ou s’ils rencontrent de nouveaux hôtes propices à leur propagation), se transmettent ainsi par contact direct avec des élevages intensifs et ou des hommes jusqu’alors hors de leur portée, 
• se répandent par nos modes de connections aujourd’hui mondiaux. 

Le réchauffement climatique et la fonte du permafrost font également craindre l’émergence de virus que l’homme moderne n’a même encore jamais croisés.

En savoir plus 7:

François Renaud (Directeur de recherche au CNRS) : « Nous avons déjà connu plusieurs crises sanitaires majeures liées à la modification de notre environnement et à la confrontation à de nouveaux parasites potentiellement dangereux pour nous.Dans l’histoire de l’humanité :

• Au Néolithique, il a 12.000 ans, le phénomène de sédentarisation et l’apparition de l’élevage ont provoque le transmission à l’homme de pathogènes initialement présents dans le bétail, comme la variole, la diphtérie ou la rougeole.
• Entre l’an 1 000 avant Jésus-Christ et le Moyen Âge, le développement du commerce avec l’Asie, les guerres et les sièges de villes ont favorisé l’apparition de la peste (qui est une bactérie) en Europe et les grandes épidémies que l’on connaît.
• La troisième crise sanitaire est liée à l’arrivée des Européens en Amérique du Sud, car ils ont amené des pathogènes avec lesquels les Indiens n’avaient jamais été en contact, provoquant une véritable hécatombe dans les populations indigènes.
• L’industrialisation et le développement des villes, la précarité, etc., ont favorisé l’émergence ou la réémergence de pathogènes comme le choléra et la tuberculose (maladies bactériennes)aux XIXe et XXe siècles. 
• La crise que nous connaissons aujourd’hui, la cinquième du genre, est encore différente (mondialisation des échanges, démographie, modes de production, impact sur l’environnement… »
• L’épidémie d’Ebola en Afrique de l’Ouest a été le résultat de pertes forestières qui ont entraîné des contacts plus étroits entre la faune sauvage et les établissements humains
• L’émergence de la grippe aviaire a été liée à l’élevage intensif de volaille 
• Le virus Nipah, identifié en 1998, est issu de chauves-souris frugivores dont l’habitat est perturbé par la déforestation de l’île de Bornéo en vue de planter des palmiers à huile. Les chauves-souris migrent alors vers les côtes de Malaisie où prospèrent des cultures industrielles de manguiers, au milieu de fermes porcines. En état de stress, elles excrètent encore plus les virus dont elles sont porteuses, lesquels contaminent les cochons, lesquels infectent les ouvriers agricoles, puis les employés des abattoirs de Singapour où les porcs sont exportés. Pour l’instant, la chaîne de contamination est assez facilement stoppée au prix de l’extermination des animaux, par centaines de milliers.

Focus sur les virus bactériophages.

La grande majorité des virus connus (et inconnus) s’attaquent aux bactéries. Ils sont appelés bactériophages, c’est-à-dire des mangeurs/tueurs de bactéries, régulant ainsi leur nombre. Au bout de quelques dizaines de minutes après l’infection, plusieurs centaines de « jeunes » virus vont se former et faire littéralement éclater la bactérie.

Ils ont ainsi un rôle prépondérant dans l’écosystème marin. Ils jouent par exemple un rôle clef dans la régulation du climat, en particulier sur le stockage du carbone, ou assurent aussi la régulation de bactéries tueuses pour l’homme (Choléra). Ils sont à l’origine de l’évolution de la cyanobactérie Synechoccus qui a acquis certains de ses gènes responsables de la photo synthèse, source aujourd’hui de la production de 10% d’oxygène sur terre.

En savoir plus (8):

Les océanographes estiment que les virus tuent entre 15 et 40% de toutes les bactéries présentes dans les océans, bactéries qui représentent 90% de la biomasse des océans. Ces « génocides » constituent, par leur enfouissement au fond des océans (sédimentation), un formidable piège à carbone estimé à un milliard de tonnes de carbone chaque jour.Il a été démontré également que sans les virus tueurs, la bactérie Vibrio cholerae, plus connue sous le nom de Choléra et qui infecte 4 millions personnes/an et en tue 100.000, se multiplierait de façon exponentielle et infecterait le monde entier.

La phagothérapie

On doit au français Félix d’Hérelle (1873-1949), pendant la première guerre mondiale, la découverte des bactériophages à l’Institut Pasteur de Paris. Il pense aussitôt à les utiliser pour combattre les infections bactériennes. Mais la découverte des antibiotiques dans les années 1920 coupe court au développement de la « phagothérapie ». Les pays occidentaux privilégient alors l’antibiothérapie au détriment de la phagothérapie traditionnelle. Pourtant, cette dernière reste toujours employée et développée dans les pays de l’ancienne Union soviétique.

Depuis les années 1990, l’utilisation des bactériophages est reconsidérée dans de nombreux pays, devant le double constat du développement inquiétant des infections nosocomiales à bactéries multirésistantes, et de l’absence de nouveaux antibiotiques efficaces.

En savoir plus (9)

À partir des années 2000, des applications apparaissent non seulement dans le domaine médical, mais aussi dans les secteurs dentaire, vétérinaire, agricole et environnemental ou encore agroalimentaire. Depuis 2006, la Food and Drug Administration (l’administration américaine des produits alimentaires et médicamenteux) a autorisé l’usage de produits basés sur les phages en agroalimentaire, et en particulier le « Listex » : des phages qui s’attaquent aux bactéries responsables de la listériose.

L’Union soviétique concentrait toute sa production de phages à Tbilissi (Georgie), à l’Institut Eliava. A la chute de l’URSS, l’activité a perduré et de nombreuses cliniques accueillent des patients venus du monde entier, afin de traiter des bactéries résistantes aux antibiotiques. Toutefois, sans doute sous la pression du lobbying de l’industrie du médicament et des antibiotiques, cette technique tarde à se mettre en place en Europe. Des associations et groupements de patients et de médecins militent pour une plus large utilisation en France.

A noter que le 23 décembre 2021, une société nantaise a enfin obtenu de l’Agence nationale de sécurité du médicament, l’autorisation de réaliser un essai clinique de thérapie à l’aide de phages. Une première en France. 

Conclusion :

Nous commençons tout juste à appréhender la richesse et les interactions de l’environnement, Véritable « Terra incognita », dans lequel nous évoluons depuis notre apparition sur Terre. 

Les virus, sources d’innovations génétiques, inventent à tout moment (fruit du hasard de leurs rencontre et du partage de leurs gènes) de nouveaux gènes et de nouvelles fonctions. 

Ils enrichissent ainsi le patrimoine génétique des trois règnes majeurs du vivant : bactéries, virus, archées, eucaryote (dont Animaux (nous), Champignons et Plantes)… 

Ils peuvent être nos alliés dans la lutte contre les bactéries pathogènes.

Dans notre représentation « darwinienne » de compétition entre toutes ces formes de vie, nous écartons la logique de symbiose ou une coopération entre entités spécialisées. Pourtant, nous sommes partie prenante de « ce tout ». 

Aujourd’hui par notre comportement (démographie mondiale, déforestation, suppression des habitats naturels et des écosystèmes, mondialisation, réchauffement climatique), nous intervenons profondément dans la transformation de l’environnement dans lequel nous vivons. 

La vitesse de cette modification n’a jamais été aussi rapide et entrainera inévitablement l’apparition future de pandémies du même genre que celle que nous subissons depuis deux années. 

Les coûts engendrés par ces pandémies sont sans commune mesure avec les profits initiaux générés (à court terme) par nos modes d’organisation et de consommation. 

Ceci amène certains scientifiques ou organisations mondiales (telle que l’ONU) à prôner la fin de l’emprise délétère du modèle économique dominant sur les écosystèmes.

La recherche et la connaissance n’en sont qu’à leurs balbutiements. Gageons que l’avenir de notre espèce sur terre ne peut s’affranchir d’une meilleure connaissance de l’ensemble de ces interactions en particulier avec la sphère virale. Un sacré challenge donc pour les générations à venir ! Alors pour paraphraser un ami (Beaulieurois) et bien connu des lecteurs de romans policiers : Vive donc le virus de la recherche !